U postavljanju organizacione strukture NAAEV-a suštinski je vodjeno računa o što većoj fleksibilnosti, inovativnosti, kvalitetu, etici rada i društveno odgovornom poslovanju sa jedne strane i efikasnom izvršavanju postavljenih zadataka sa druge strane.
Imajući u vidu specifičnost ovakvog tipa organizacije, postavljena organizaciona struktura sledi ustanovljene Ciljeve, Misiju i Viziju, pri čemu glavne resurse asocijacije predstavljaju informacije i znanje.
Dinamično i objektivno nepredvidivo okruženje u kome asocijacija pretežno posluje, opredelilo je menadžment NAAEV-a na dizajniranje modela organske-adaptivne tj. projektne organizacione strukture kako bi što efikasnije odgovorilo zahtevima okruženja koja se vrlo često menjaju iz dana u dan.
